电影中，我们被带入一个东方某国，一个充满魔法与奇迹的世界。在这个国度，13岁的女孩们都必须独自前往一个陌生的城镇生活一年，这是成为魔女的必经之路。按照这一规定，年仅13岁的琪琪（由小芝风花饰演）告别了爸爸（筒井道隆饰）和妈妈（宫泽理惠饰），带着她的黑猫伙伴吉吉，开始了属于她自己的冒险之旅。

克里克，一个坐落在大海之中的港口城市，成为了琪琪的目的地。在这里，她结识了经营面包店的索娜阿姨（尾野真千子饰），索娜阿姨不仅欣然接纳了琪琪，还邀请她住进了自己的家中。琪琪虽然只会骑扫帚飞翔，但她发挥了这项唯一的特长，开设了“魔女宅女便”，为克里克的居民提供着各种神奇的服务。与热爱飞行的少年蜻蜓（广田亮平饰）等城市居民的友情也让琪琪的生活变得更加丰富多彩。

然而，一场无意中传播的谣言却使得琪琪突然成为了城市居民们避之不及的对象，她心情沮丧，甚至失去了飞行的能力。然而，命运的转折总是出人意料的。就在这时，动物园的园长请求琪琪帮忙将一只生病的河马送往医院，这个任务将成为琪琪重新找回自信和勇气的契机。